מדור הדין המשמעתי והחנינות מעניק הכוונה וייעוץ למפקדים ולחיילים בכל הנוגע להליכים משמעתיים בצה"ל, ומהווה כתובת מרכזית לקבלת מידע על זכויות החיילים והאופן שבו מתנהלים הליכים אלו.
המדור מפעיל מוקד פניות ייעודי, מלווה מפקדים בניהול ההליך המשמעתי, ומסייע בבירור טענות המועלות ע"י חיילים ביחס לתקינות ההליכים בעניינם. בנוסף, המדור מרכז את הפיקוח על ניהול ההליכים המשמעתיים ומטפל במקרים המצדיקים התערבות, לרבות ביטול הליך או הוראה על קיומו מחדש, בהתאם לסמכויות הקבועות בחוק.
