ראשיתה של הפרקליטות הצבאית בימים שקדמו להקמת המדינה, ב"שירות משפטי" שפעל במסגרת ארגון ה"הגנה". סמוך לאחר הקמת צה"ל, הוקמה גם יחידת הפרקליטות הצבאית - אשר נקראה תחילה, עד 1950, התביעה הכללית.

הפרקליטות הצבאית אמונה על הטמעת שלטון החוק בצה"ל. יעדי היחידה הם הנחלת ערך שלטון החוק בקרב מפקדי צה"ל וחייליו, הלכה למעשה; מתן כלים למפקדי צה"ל לשם ביצוע משימותיהם בהצלחה ובהתאם לדין; והובלת צה"ל להצלחה מלאה בכל חזית משפטית. דגש מיוחד ניתן למוכנות לתת מענה משפטי לחירום ולמצב לחימה.

היחידה משמשת כגשר בין עולם המשפט לעולם הצבא. הקצינים המשרתים בה בקיאים ברזי המשפט הכללי והצבאי, ובצרכי הצבא. תפקידם להטמיע בצה"ל את ערכי המשפט, ולייצג את צה"ל בכל זירה משפטית.  

הפרקליטות הצבאית פועלת בשלושה מישורים עיקריים לשם השגת יעדיה: אכיפת הדין, ייעוץ משפטי, והדרכה בענייני חוק ומשפט.

בפרקליטות הצבאית ארבע מחלקות וחטיבה:

  • התביעה הצבאית אמונה על אכיפת הדין ביחס לחיילי צה"ל שנכשלו בביצוע עבירות בעלות זיקה לשירות הצבאי במהלך שירותם. כמו כן, תפקידה של התביעה הצבאית לאכוף את הדין כלפי תושבי יהודה ושומרון העומדים לדין בבתי המשפט הצבאיים, ובתוך כך, לפעול למיצוי הדין עם פעילי הטרור.
  • הסנגוריה הצבאית, שהינה חלק מהיחידה אך נהנית מעצמאות מקצועית מלאה, מעניקה ייעוץ וייצוג משפטי לכל חייל בצה"ל אשר נחקר או עומד לדין בפני ערכאות צבאיות, ומעוניין בקבלת סיועה.
  • מחלקת הייעוץ והחקיקה מעניקה ייעוץ משפטי לאגפי המטה הכללי, לזרועות ולפיקודים בצה"ל בתחומי המשפט הציבורי והאזרחי.
  • חטיבת הדין הבין-לאומי מעניקה ייעוץ משפטי בתחומים מבצעיים, אסטרטגיים ואחרים, בתחום המשפט הבין-לאומי.
  • מחלקת הייעוץ המשפטי לאזור יהודה ושומרון מעניקה ייעוץ משפטי לגופים הפועלים באזור יהודה ושומרון, בראשם פיקוד המרכז והמנהל האזרחי, בתחומים ביטחוניים ואזרחיים.

בנוסף, בפרקליטות הצבאית פועל בית הספר למשפט צבאי, האמון על הכשרת מפקדי צה"ל וחייליו בנושאי חוק ומשפט, על פיתוחם המקצועי של המשרתים ביחידה, על תחום הדין המשמעתי ועל הטיפול בבקשות חנינה הנוגעות לחיילי צה"ל.

בראש הפרקליטות הצבאית עומד הפרקליט הצבאי הראשי (פצ"ר), הכפוף פיקודית לרמטכ"ל, אך בעניינים מקצועיים אין עליו אלא מרותו של החוק. הפצ"ר הוא בעל הסמכות המשפטית העליונה בצה"ל, והחלטותיו המקצועיות מחייבות את כלל יחידות צה"ל. הפצ"ר הוא גם היועץ המשפטי של הרמטכ"ל, וסגן הפצ"ר הוא ממלא מקומו של הפצ"ר בהיעדרו, והוא אחראי על כוח האדם, הארגון והתקציבים ביחידה. בנוסף, הוא נושא באחריות לפקח על תקינות הליכי הדין המשמעתי בצה"ל ועל גיבוש עמדת הפרקליטות לבקשות חנינה לנשיא המדינה.

בפרקליטות הצבאית משרתים קצינים, בשירות חובה וקבע, בעלי הכשרה משפטית אקדמית שהם גם עורכי דין. ההצטרפות ליחידה נעשית בדרך כלל במסגרת מסלול העתודה האקדמית. עם זאת, בשורותיה גם קצינים ששרתו בעבר בתפקידים אחרים בצה"ל, בשטח ובמטה, וברבות השנים רכשו השכלה משפטית ונמצאו מתאימים להצטרף ליחידה.  

ליחידה מורשת ארוכת שנים. בוגריה משולבים במערכת המשפט הציבורית והפרטית במדינת ישראל, ובהם דמויות מפתח בעולם המשפטי הישראלי לדורותיו. ליחידה מערך מילואים רחב, עמו נמנים עורכי דין ותיקים ומנוסים בכלל ענפי המשפט, אשר מסייעים ליחידה למלא את תפקידיה בשגרה ובשעת חירום.

במהלך שנות פעילותה של הפרקליטות הצבאית, היא עסקה לא אחת בעניינים משמעותיים ורגישים, בעלי משמעות ציבורית, אשר הותירו חותם בעולם המשפט ובדברי ימיה של המדינה.

המשרתים ביחידה ממלאים את תפקידם מתוך הבנת האחריות המשמעותית המוטלת על כתפיהם, בתחושת שליחות, ומתוך מחויבות לצה"ל ולשלטון החוק.