حرب الاستقلال
على الرغم من التوفق للعدو المصري في الحرب, قام سلاح البحرية الاسرائيلي بتنفيذ عدة عمليات ادت الى سيطرته التامة على الساحة البحرية. مثل اغراق سفينة القيادة للاسطول المصري. على رأس الفريق الذي قام بتفجير السفينة واغراقها كان يقف يوحاي بن نون, والذي حصل على لقب بطل اسرائيل تقديراً له على ما قدمه للدولة في ذلك اليوم. نتيجةً لهذا العملية الشجاعة تقهقر سلاح البحرية المصري في موانئه, مما ساعد سلاح البحرية الاسرائيلي على تحقيق الاهداف والانجازات الهامة.
عملية سيناء
التخطيط بكل ما يخص عمل سلاح البحرية الاسرائيلي في عملية "سيناء" كان يهدف الى انزال قوات مدرعات الى الغرب من العريش من قبل الاسطول 11 وتأمين القطاع البحري عن طريق الاسطول 1, بما في ذلك المدمرتين سفينة البحرية يافا وسفينة البحرية ايلات, التي تم شرائها من بريطانيا واحضارها الى البلاد في العام 1956. بالاضافة الى ذلك, تم التخطيط لمساعدة لوجيستية للواء 9 في الطريق من ايلات الى شرم الشيخ. عملياً, تم الغاء الانزال في البحر المتوسط بالتزامن مع نشوب الحرب في 29 تشرين اول 1956, لكن في شاطئ دهب تم انزال سرية حاملات دبابات, وقود وطعام والتي مكنت اللواء 9 من استكمال مهمته - احتلال شرم الشيخ.
الحدث المركزي على جبهة البحر المتوسط حدث في ساعات ما قبل الصباح يوم 31 تشرين أول, عندما قامت المدمرة المصرية "ابراهيم الأول" بقصف ميناء حيفا وضواحيه. عندها توجهت المدمرتين يافا وايلات وبمساعدة سلاح الجو تم اخضاع المدمرة المصرية. تم سحب المدمرة بما في ذلك طاقمها الى ميناء حيفا, حيث تم اصلاحها ومن ثم ضمها الى الاسطول 1 الاسرائيلي تحت اسم سفينة سلاح البحرية حيفا.
بعد انتهاء الحرب في شبه جزيرة سيناء تم تشغيل الاسطول 11 بتفريغ شاطئ العريش من الذخيرة. في هذا الاطار تم تخليص طائرة ميغ 11 مصرية من بحيرة البردويل. سلاح البحرية انهى عملية سيناء بنقل البوارج - سفينة سلاح البحرية "مڨطاح" وسفينة سلاح البحرية "مزناك", من حيفا الى خليج ايلات.
حرب الايام الستة
إبان فترة حرب الايام الستة كان الاسطول الاسرائيلي قد بدأ بالتعاظم. عمل سلاح البحرية بالتدريبات واستيعاب سفن الصواريخ الاولى, على الرغم من انه قام اثناء الحرب باستخدام المعدات القديمة التي بحوزته, للدفاع عن شواطئ اسرائيل. سفينة اسرائيلية قامت بالدخول الى مياه العدو ومنعت خروجه الى البحر المفتوح. احدى الاحداث المركزية في الحرب حدث بين التواريخ 5 و 6 حزيران, عند دخول رجال الكوماندو الاسرائيلي لقاعدة الاسطول البحري. بالمقابل, على ساحة المعارك الدائرة في البحر الاحمر, اشتركت قوات البحرية الاسرائيلية في احتلال شرم الشيخ.
في أعقاب نتائج حرب الايام الستة, تمت اضافة 8,000 كم الى طول الشواطئ الاسرائيلية. حجم الاطلالة البحرية للدولة تضاعف بخمسة مرات وكان على سلاح البحرية اكمال مهمة الدفاع عنه.
حرب الاستنزاف
خلال حرب الاستنزاف عمل سلاح البحرية في الاساس في منطقة البحر الاحمر. بدأ العدو المصري عملياته ضد جيش الدفاع الاسرائيلي وتسبب بخسائر فادحة. لهذا السبب, تقرر مهاجمة العدو في مناطقه الآمنة, المناطق التي لم يتوقع مهاجمته منها: البحر.
وحدات سلاح البحرية هاجموا أهداف على الشاطئ الغربي لقناة السويس وهكذا نقلوا المعركة الى مناطق العدو. دمرت القوات البحرية محطات الرادار وفجروا مراكز ومباني عديدة للعدو. خلال الحرب هاجمت القوات البحرية ناقل المياه الاردني وفجرته. بالاضافة, هاجمت القوات البحرية القاعدة المصرية وتسببت بخسائر فادحة بالممتلكات والارواح. احدى أبرز العمليات خلال الحرب كانت مهاجمة الكوماندو للشاطئ الغربي لقناة السويس. في هذه العملية أغرقت القوات سفينتين للعدو. قوات المدرعات, التي شاركت في العملية قامت بمهاجمة نقاط حراسة, مراكز عسكرية ومحطات رادار وتسببت بخسائر فادحة للعدو.
حرب يوم الغفران
كان رجال سلاح البحرية خلال الحرب في حالة تأهب قصوى حيث كانوا يتمركزون في نقاطهم العسكرية. نجح سلاح البحرية في مهامه: قام باخضاع اسطول العدو, حافظ على الممرات البحرية سالكة وآمن شواطئ البلاد. خلال الحرب, قام باغراق ثلاث سفن للصواريخ وسفينة طوربدو سورية. قام سلاح البحرية ببسط سيطرته الكاملة ومنع تقدم القوات المصرية لسيناء. بعد ان صد جميع تهديدات العدو, قام بتفجير مرافق الوقود وموانئ في سوريا, لبنان ومصر.
بعد حرب يوم الغفران عمل سلاح البحرية بالاساس بعمليات أمنية روتينية وحماية شواطئ البلاد.
عملية سلامة الجليل
منذ الايام الاولى للعملية, تمت عملية انزال قوات مظليين, مدرعات, مدفعية وقوات لوجيستية وذلك من خلال سفن الانزال على الشاطئ اللبناني. خلال الحرب, قامت القوات البحرية بمساندة قوات المشاة. في شهر حزيران تم اعلان وقف مؤقت لاطلاق النار.
احتشد المخربون في غرب بيروت, التي حوصرت من قبل قوات المشاة وقوات البحرية. في شهر آب, نتيجةً لاتفاق وقف اطلاق النار, قام جيش الدفاع الاسرائيلي باخلاء المنطقة مما أدى الى خروج 14,000 مخرب وجندي من مدينة بيروت, منهم 8,000 خرجوا عن طريق البحر الى دول عربية بعيدة. إخلاء المخربين من بيروت نقل ساحة العمليات البحرية للمخربين المتبقين الى شواطئ لبنان الشمالية.