שורשיו התפיסתיים והמִבניים של המטה הכללי של צה"ל עוצבו בארגון 'ההגנה' בשנות המערכה לעצמאות של היישוב העברי

ב- 19 בספטמבר 1939 פִרסמה המִפקדה הארצית של 'ההגנה' הודעה על הקמת המטה הכללי (שנקרא גם – המטה הארצי) בראשוּת יעקב דורי. ממועד זה החל מטכ"ל 'ההגנה' לפעול בחשאיות מחתרתית עד שהפך למטה הכללי של צבא ההגנה לישראל.

משרדי המטכ"ל שכנו במקומות שונים בתל-אביב. תחילה הועמדו לרשותו חדרים אחדים בבניין הוועד הפועל של ההסתדרות הכללית ובמערכת העיתון ההסתדרותי דבר ברחוב אלנבי 113–115 בתל-אביב. בשנת פעילותה של תנועת המרי העברי (1945–1946) שוכן המטכ"ל במשך שנה בדירת מרתף במִתחם מעונות עובדים ד'–ו' (הו"ד), ברחוב פרישמן 31–35 בתל-אביב, וכאשר התעורר חשד שהמקום נחשף לבולשת המנדטורית פוזרו גורמי המטכ"ל בחמישה חדרים ברחבי העיר.

בפרוץ מלחמת העצמאות הוצבו משרדי הפיקוד העליון ל'בית האדום' על חוף ימה של תל-אביב (רחוב הירקון 123) במשך כחמישה חודשים (ינואר–מאי 1948).

'הגבעה' ברמת-גן

בליל 18–19 במאי 1948 הועברו משרדי המטכ"ל לשמונה בניינים אזרחיים שפונו מיושביהם במרומי 'גבעת החלמה' ברחוב שרת ברמת-גן (כיום בית הספר הממלכתי בן-גוריון). במתחם אזרחי זה, שלא היה מגודר ובחלק מבתיו המשיכו להתגורר משפחות עם ילדים, ניהל המטכ"ל את הדיפת צבאות ערב במלחמת העצמאות. יצוין כי במלחמה הגורלית והמכרעת ביותר בתקומת מדינת ישראל לא היה במטכ"ל 'מוצב פיקוד' ואפילו לא חדר מלחמה (חמ"ל) לתליית מפות ומרשמי קרב.

בשנים הראשונות כל היחידות והגופים במטכ"ל השתייכו מהבחינה הארגונית ליחידת מחנה המטכ"ל. במצב זה שררה מתיחות מובנה כאשר בכירי המטכ"ל היו כפופים משמעתית למפקד המחנה שהיה קצין בדרגת רב-סרן. כל הפעילות החברתית, הספורטיבית והתרבותית במחנה התנהלה בצוותא (מפקדות הזרועות – האוויר, הים והיבשה – לא היו במחנה במטכ"ל).

במאי 1949 הועבר המטכ"ל למחנה חדש שנבנה עבורו למרגלות הגבעה בפאתי השטח המוניציפלי של המועצה המקומית רמת-גן (כיום רחוב בן-גוריון בגבול רמת-גן ובני-ברק). במשך כשש שנים שכנו משרדי המטכ"ל במחנה, שהמשיך להיקרא – 'הגבעה'. בתקופה זו התמסד מבנה אגפי המטכ"ל ובתהליך הדרגתי הם הופרדו מהשיוך ליחידת מחנה המטכ"ל.

בפרק זמן זה גובשה תפיסת ההפעלה המטכ"לית, שלפיה מוצב הפיקוד העליון תוכנן להיות מתקן שליטה מאובטח וחשאי שיופרד ממחנה הקבע של המטכ"ל ברמת-גן. לאחר עבודת מטה ממושכת ותרגולים בתמרוני צה"ל בתחילת שנות ה-50 נקבע מקום המצפ"ה בשעת חירום ב'מחנה דני' מזרחית לרמלה בקרבת מחנה מפקדת חיל האוויר (המחנה נקרא על-שם דני מס, מבכירי מפקדי הפלמ"ח שנהרג בראש מחלקת הל"ה לגוש עציון הנצור). במחנה דני הוצב הפיקוד העליון של צה"ל במלחמת סיני בסתיו 1956 (כאשר המטכ"ל היה כבר בקריה).

הקריה בתל אביב

בפברואר 1955 הועבר המטכ"ל לקריה בתל-אביב, ומאז הוא מוצב במתחם. עם העברתו לקריה שוכנו חלק מיחידותיו בחלקה הדרומי של הקריה (במבנן שבין רחוב קפלן בצפונו לרחוב הארבעה בדרומו). סדנת הרכב של יחידת בסיס המטכ"ל הוצבה במגרש גדול בדרום הקריה.

ב-31 במארס 1959 הועברה מפקדת חיל האוויר לקריה. בתום טקס העברת הפיקוד על הכוחות האוויריים מ'חדר הפעולות' ברמלה למוצב השליטה בקריה נערך מטס הצדעה חגיגי של מטוסי חיל האוויר בשמי תל-אביב לציון האירוע ההיסטורי.

ב-5 בדצמבר 1972 (יום ה'עי"ן') בשעה 15:00 (שעת ה'שי"ן') נותק הקשר בין מוצב הפיקוד הימי בבסיס חיפה לכלֵי השיט בזירות הימיות והשליטה על הכוחות הימיים הועברה למוצב השליטה הימי במִפקדת חיל הים בקריה בתל-אביב. לימים אמר הרמטכ"ל רב־אלוף חיים בר-לב: "העברת מפקדת חיל הים מחיפה לקריה בתל-אביב העלתה את חיל הים על המפה המבצעית של צה"ל".

ב-24 בפברואר 2005 נחנך בטקס חגיגי מגדל המצפה, שבו שוכנו לשכת שר הביטחון, רב־אלוף (במיל') שאול מופז, ולשכת הרמטכ"ל, רב־אלוף משה יעלון.

בפברואר 2009 הושלם פינוי יחידות צה"ל ומשרד הביטחון מדרום הקריה וכינוסן בצפון הקריה. הפרטת הרכב למשרתי הקבע ייתרה כמעט לחלוטין את סדנת הרכב המטכ"לית, וסדנת רכב מצומצמת הועברה לצריפין.

ב-6 בספטמבר 2016 הוצבה בבסיס המטכ"ל מפקדת זרוע היבשה במסגרת התוכנית הרב-שנתית 'גדעון' בניצוחו של הרמטכ"ל רב־אלוף גדי איזנקוט. תמורה זו נבעה משינוי מבני בתפיסת ההפעלה המטכ"לית ולצדה התחולל שינוי אִרגוני במִפקדת יחידת בסיס המטכ"ל. שינוי זה כלל הקמה של היחידה לרציפות תִפקוּדית לשם חיזוק תשתית האבטחה במצב חירום, הכפפת עשרות יחידות בסיס המטכ"ל במערכת אחוּדה של פיקוד מעו"ז (מִפקדה על-זרועית) ועוד.


היסטוריית היחידה במהלך מלחמות ישראל: 

מלחמת העצמאות:

חלק ראשון (30 בנובמבר 1947– 18 במאי 1948) – ב'בית האדום' בחוף הים בתל-אביב;
חלק שני (19 במאי 1948 – 10 במארס 1949) – 'הגבעה' ברמת-גן;

מלחמת סיני:

(29 באוקטובר – 5 בנובמבר 1956) – מחנה דני ברמלה; הרמטכ"ל רב־אלוף משה דיין נלווה בימי הלחימה לכוחות הקדומניים בסיני.

מלחמת ששת הימים:

(5–11 ביוני 1967) – בקריה בתל-אביב; 
יחידה חימושית ממפקדת הבסיס גויסה להובלת נשק שלל במרחב ירושלים;
מפקד הסדנה והרכב, סא"ל וֶרנֶר פַלְק, הקים סדנת רכב במרחב מפרץ שלמה (שארם א-שיח') וחוליית רכב באבו-זניימה לחוף הים האדום בסיני. עד סוף מלחמת ההתשה בתעלת סואץ בקיץ 1970 טיפלה סדנת הרכב המטכ"לית בדרום סיני בכל כלי הרכב במרחב (כולל טנקים ותותחים).

מלחמת יום הכיפורים:

(6–24 באוקטובר 1973) – בקריה בתל-אביב;
במהלך המלחמה הוקם לראשונה כוח שמירה ייעודי לאבטחת הרמטכ"ל רב־אלוף דוד (דדו) אלעזר, שנקרא – מחלקת עטרות. רס"ר המחנה צבי רוט-אדמון אימן את חיילי המשמר במכון 'וינגייט' וקב"ט היחידה פיקד על הכוח.
בשבוע המלחמה הראשון הוקם כוח תומך לחימה קרבי מיחידת בסיס המטכ"ל בפיקוד מפקד הבסיס, סא"ל יעקב בר, שפעל בסיני וממערב לתעלת סואץ במצרים (ב'אפריקה'). הכוח עסק בהובלת אורחות מנהלה לחזית, בפינוי נשק שלל מצרי ובתספוקת לכוחות הלוחמים. הכוח המשיך לפעול בסיני בחודשי חורף 1973 עד הסגת כוחות צה"ל ממצרים.

מלחמת לבנון הראשונה:

(5 ביוני – 29 בספטמבר 1982) – בקריה בתל-אביב;
בשבוע הלחימה הראשון ובמהלך מבצעים יזומים עבר הרמטכ"ל רב־אלוף רפאל איתן למוצב השליטה בפיקוד הצפון בצפת ('הארמון').

מלחמת המפרץ הראשונה:

(17 בינואר – 28 בפברואר 1991) – בקריה בתל-אביב; 
בסיס המטכ"ל בקריה היה היעד העיקרי של מתקפת הטילים העירקית.
לאחר המלחמה העניק הרמטכ"ל, רב־אלוף דן שומרון, תעודת הוקרה למפקדת יחידת בסיס המטכ"ל בפיקוד המב"ס, אל"ם מרדכי סער, על תפקודה המבצעי ועל הסיוע היזום לאוכלוסייה האזרחית שנפגעה מטילי הסקאד.

מלחמת לבנון השנייה: 

(12 ביולי – 14 באוגוסט 2006) – בקריה בתל-אביב;
בפעולות התגמול בשנות ה-50, ב'מלחמה על המים' לסיכול הטיית מקורות הירדן בשנות ה-60, במלחמת ההתשה (1967–1970), באינתיפאדות, במלחמת המפרץ השנייה ובמבצעים ברצועת עזה ('עופרת יצוקה', 'עמוד ענן', 'צוק איתן') – בקריה בתל אביב.