יחידת דובדבן הוקמה ביוני 1986, מתוך הבנה כי יש לפתח שיטת לוחמה נקודתית וחכמה להתמודדות עם אירועים ביטחוניים שונים בגזרת יהודה ושומרון, במיוחד בקרב אוכלוסייה אזרחית צפופה. סיסמת היחידה "בתחבולות תעשה לך מלחמה"  מרמזת על מגוון פעילויותיה.

יחידת דובדבן היא יחידת חוד מובחרת ייעודית ללוחמה במתארי שטח שונים, ובעיקר בשטחי יהודה ושומרון. היחידה פועלת למניעת פעילות חבלנית עוינת ומתפקדת בצורה גלויה ומוסווית בקרב אוכלוסייה ערבית מקומית.

לוחמי היחידה עוסקים בפעילות מבצעית מתמשכת, מבצעים מעצרים ליליים, תפיסות של מבוקשים, מארבים וכן פעילות מסוערבת.

בגל הטרור שהחל בשנת 2015, היוותה היחידה כלי משמעותי במאבק היומיומי כנגד הטרור העממי וכנגד מחבלים בגזרה. מרבית המעצרים המשמעותיים בתקופה זו זקופים לזכותה של היחידה, ביניהם מעצר רוצחי הזוג הנקין ז"ל, מעצר רוצח דפנה מאיר ז"ל, מעצר רוצחי הרב ליטמן ובנו ז"ל ומפגעים רבים נוספים. על פעילותה בגל טרור זה הוענק ליחידה צל"ש הרמטכ"ל באוקטובר 2016.

עם כניסתה לחטיבת הקומנדו, היחידה מרחיבה בהדרגה את המתארים האופרטיביים בהם היא פועלת זאת לצד הפעילות האינטנסיבית בגזרת יהודה ושומרון, על מנת להתאים עצמה לחטיבת הקומנדו הרב-זירתית.