La unidad especial del Cuerpo de Ingeniería Militar es la Unidad Yahalom. La unidad es entrenada para lidiar con tareas especiales de ingeniería, como túneles terroristas hasta actividades de sabotaje.

Además, la unidad es la autoridad superior encargada de manejar armas y municiones peligrosas. Yahalom ha proporcionado asistencia a las unidades de las FDI en tareas especiales de ingeniería como obstáculos terrestres y marítimos. La unidad está encabezada por un oficial con el rango de coronel.

Yahalom tuvo una gran participación en la Operación Margen Protector en la destrucción de la infraestructura de túneles de Hamás y la defensa de nuestras fuerzas, lo que llevó a un aumento significativo en la unidad, duplicando sus capacidades y convirtiéndola en lider en temas de ingeniería. 

El rol de la unidad incluye misiones de sabotaje especiales, demolición y explosión de edificios, sabotaje de infraestructura enemiga, manejo de explosivos, preparación de dispositivos y bombas explosivas, neutralización de dispositivos explosivos enemigos, limpiar campos minados, localización y destrucción de túneles.

A veces, la unidad utiliza robots y  dispositivos controlados a distancia, sin poner en peligro la vida humana.