El objetivo del Comando Sur de las F.D.I es defender las fronteras al sur de Israel, la zona más larga del país. El Comando Sur es responsable de todas las unidades ubicadas en las regiones de la Aravá, Neguev y Eilat. Sus soldados mantienen estrechos vínculos con los residentes y líderes de varias comunidades. El Comando Sur fue establecido en 1948 bajo el comando del Mayor Gral. Yigal Alon.

El comando es responsable de la protección de 250 km de la frontera Este con Jordania, acerca de 215 km de la frontera Oeste con Egipto y 65 km de la frontera con la Franja de Gaza.

Bajo el comando del Comando Sur se encuentran varias unidades: la Brigada Givati, Brigada Nahal, la Brigada 401 del Cuerpo de Blindados, la División 215, las divisiones Norte y Sur, la Brigada Sagi y la Brigada de Eilat. Además, los batallones mixtos, Bardelas y Caracal, también operan en este sector e intentan mantener la seguridad en la frontera con Jordania y Egipto.

Los Cruces con la Franja de Gaza también se encuentran bajo la autoridad del Comando Sur. Estos cruces entre Israel y la Franja de Gaza fueron construidos con una considerable inversión por parte de Israel, para asegurar el regular traspaso de bienes y personas. Desafortunadamente, los cruces han sido objeto de frecuentes ataques terroristas, que incluyeron disparo de cohetes Qassam y morteros, como también, ataques suicidas y disparos.