אורכה המתמשך של מלחמת התקומה, דרש למצוא את האיזון בין ניהול מצבי החירום ובין המשך ניהול משימות השגרה, ביצוע תהליכי בניין כוח, הפקת לקחים ויישומם.

שגרת המלחמה התאפיינה בשלב זה בפרקי הפסקות אש, בהסכמים שונים לשחרור והחזרת החטופים, ובחודשים הראשונים של שנת 2025 התקיימו מבצעים מרכזיים בשם 'מרכבות גדעון א' ולאחר מכן 'מרכבות גדעון ב', שנועדו להשלים את ייעודי המלחמה בדרום רצועת עזה במתכונת ממוקדת ומדורגת. מבצעים אלה כללו פעולות צבאיות מתמשכות לצד משאים ומתנים דיפלומטיים מורכבים, ששולבו זה בזה.

בתקופות אלו התייצבה הרבנות הצבאית מול שילוב של משימות מבצעיות, הלכתיות וערכיות שנבעו מהמשך הלחימה לצד התארכותה של המשימה הלאומית סביב השבת השבויים והנעדרים. 

בזירה המבצעית, הכוחות המשיכו לפעול בעומק רצועת עזה ובגזרות נוספות, והרבנות הצבאית ליוותה את הכוחות באופן שוטף במתן מענה הלכתי במצבים משתנים, תמיכה רוחנית ומוראלית, וליווי מפקדים בהתמודדות עם דילמות ערכיות הנובעות מחיכוך ממושך עם האויב ומהפעלת כוח בתנאים מורכבים. הרבנים הצבאיים שמרו על נוכחות רציפה לצד יחידות הלוחמים, חיזקו את החיילים בשגרה ובמאמץ, והמשיכו לספק תגובה מיידית לכל צורך שהתעורר בשטח.

בשלב "מרכבות גדעון", לצד צמצום המשמעותי בכוחות המילואים, בלט במיוחד השימוש הנרחב בכוחות גדוד הסדיר שנשלח באופן מקיף לאורך כל שלב זה בעומק הרצועה. הרבנות הצבאית התמקדה בליווי צמוד של הגדוד הסדיר, תוך נוכחות מתמדת של הרבנים וצוותי הרבנות בשטח. 

במקביל, נמשכה גם מלאכת הטיפול בנפגעים ובחללים במהלך פעילות מבצעית נקודתית. מערכי הזיהוי, הפינוי והטיפול בכבוד הנופלים פעלו ברגישות ובמערכות מתואמות היטב, תוך שמירה על ההלכה ומחויבות עמוקה למשפחות.

בשלב זה בלט במיוחד מאמץ מתמשך ומורכב הקשור בשבויים ובנעדרים. הרבנות הצבאית פעלה כחלק מהמאמץ הלאומי הכולל לאיתור, זיהוי והשבת נעדרים, לצד עבודת תיאום מקצועית מול גורמים מודיעיניים, מבצעיים ומשפחתיים. העיסוק בסוגיה זו דרש ידע הלכתי ייחודי, אחריות רבה וזהירות רבה בכל היבט של מידע, בירור ומסקנות. הרבנות המשיכה לתרום מהידע המקצועי שלה בתהליכי זיהוי, בסיוע לבירור גורלן של דמויות חסרות ובשיתוף פעולה מתמיד עם כלל הגופים העוסקים בנושא. וכן הייתה שותפה בקבלת החללים משטח הרצועה לישראל.

שלב מרכבות גדעון סימן את התכנסותה של המערכה לכדי מאמץ סדור, ממוקד ורב־שכבתי. הרבנות הצבאית נדרשה בו לשלב מקצועיות הלכתית, מסירות רוחנית ורגישות אנושית - הן כלפי הלוחמים, הן כלפי המשפחות, והן כחלק מהמאמץ הלאומי להשיב את כל הבנים הביתה. הרבנות הצבאית הוכיחה כי המושג "עד החלל האחרון" אינו סיסמה בלבד, אלא מחויבות מוסרית ודתית עמוקה, הנמשכת גם זמן רב אחרי שוך הקרבות.