הקרב על ירושלים
ארמון הנציב
ב-5 ביוני 1967, בוקר יום שני, החלו כוחות ירדנים בהפצצה ארטילרית וירי מנשק קל לעבר כוחות צה״ל ששהו בעיר ירושלים. כעבור זמן קצר, החלו כוחות האויב במבצע לכיבוש ארמון הנציב, בו שהו משקיפי האו״ם.
במסגרת הקרב על הארמון, אשר סיפק לירדנים שליטה רצופה ויתרון על כוחות צה״ל, פרצו כוחות ירדן לארמון עצמו והחלו בירי משם. גדוד 161 של חטיבת ירושלים בלם את מתקפת הירדנים. בשעות הצהריים החלו כוחות צה״ל בהובלת חטיבה 16 וגדוד 161 בכיבוש המוצב מחדש. הכוח החזיר בהצלחה את השליטה במוצב לידי ישראל, ופינה את משקיפי האו״ם ומשפחותיהם, אשר היו כלואים במקום, לירושלים.
על השלוחה שמדרום לארמון הנציב הקימו הירדנים מספר מוצבים ביניהם מוצב "הנקניק" ומוצב "הפעמון", הנקראים על שם צורתם מהאוויר. בשעה 16:00 החלו חיילי סיירת 161 בהתקפה על מוצב "הנקניק", שהיה מוגן על ידי פלוגה ירדנית אחת ובה כ-60 חיילים. תוך כדי כיבוש מוצב "הנקניק", אישר המטכ"ל גם את כיבוש מוצב "הפעמון" והכפר צור באהר. בשעה 18:20 יצא כוח בפיקוד מג"ד 161 אשר דר לכיבוש ה'פעמון'. המוצב נכבש במהירות בקרב עז עד שעה 19:30.
הר הצופים
הר הצופים נותר כמובלעת ישראלית בתום מלחמת העצמאות, ועל פי ההסדר שהוסכם עם הירדנים ובחסות האו"ם, נקבע כי אחת לשבועיים תגיע שיירת אספקה בחסות האו"ם להר הן כדי לבצע תחלופה של אנשים והן כדי לספק ציוד ומזון. הסדר זה כובד במשך 19 שנה, עד מלחמת ששת הימים.
ההר הופגז כבר ביומה הראשון של המלחמה. מחשש שהירדנים ינסו לכבוש אותו, ניתנה לכוחות הוראה להגיע אליו והמאמץ העיקרי של צה"ל בגזרה הופנה להר הצופים. לוחמי הצנחנים הגיעו אל ההר לאחר שכבשו את גבעת התחמושת ושכונת שייח ג'ראח, וחטיבת השריון הראל הצטרפה אליהם בתום כיבוש גבעת המבתר והגבעה הצרפתית.
בית הספר לשוטרים וגבעת התחמושת
בלילה השני ללחימה, החל צה״ל במתקפת שריון על בית הספר לשוטרים וגבעת התחמושת. הגבעה, אשר הייתה עשויה תעלות קשר ותעלות מבוצרות, היוותה אתגר מבצעי לכוחות חטיבה 55 אשר לחמו במקום.
עת עלו הכוחות לעבר כיבוש החלק הצפוני של הגבעה, הם ספגו אבדות רבות בקרב אש דרמטי, אשר מנע מהכוחות להמשיך ולכבוש את הגבעה. תגבור שני טנקים מכוחות השריון אשר מוטטו את היאחזות הירדנים על הגבעה, סייעו רבות לכוחות החי״ר להשלים את המשימה לפנות בוקר.
הכוחות האחרים של צוות המשימה כבשו את דרך שכם בואכה שייח׳ ג׳ראח, ונוצר הקשר עם הר הצופים.
כיבוש אבו תור
במסגרת הקרב לכיתור ירושלים והידוק נוכחות צה״ל על העיר העתיקה הוטלה על גדוד 163 מחטיבת ירושלים המשימה לכבוש את אבו טור, שכונה מדרום לעיר העתיקה.
בשעה 15:00, צרו כוחות רגלים על עמדה ירדנית דרומית, ולאחר כיבושה בהצלחה המשיך הכוח להתקדם מזרחה, שם איבד חמישה מחייליו מירי צלף.
בכיבוש השכונה נהרגו 15 לוחמים מהחטיבה.
מוזיאון רוקפלר ("סמטת המוות")
ביום השני למלחמה, לאחר קרב עקוב מדם באזור שער שכם שזכה לכינוי "סמטת המוות", עשה דרכו גדוד 28 של חטיבה 55 לכיוון מוזיאון רוקפלר. המוזיאון, שהיה בשליטה ירדנית, נכבש בשעה 07:30 בתום קרב קצר ושימש מיד לחפ"ק של מפקד החטיבה, מרדכי (מוטה) גור.
אוגוסטה ויקטוריה
בשעות הערב יצאו כוחות מחטיבה 55 ומסיירת חטיבה 80 בסיוע טנקים מחטיבה 10 ומגדוד השריון הפיקודי, לכיוון רכס אוגוסטה ויקטוריה. הטנקים תעו בדרכם בגלל אי-הכרת השטח ונקלעו אל גשר המוביל לכנסיית גת שמנים, בו ספגו אש כבדה מהירדנים היושבים על חומות העיר העתיקה. בתום קרב אינטנסיבי נסוגו לוחמי צה"ל, מבלי שהשלימו את משימתם.
שחרור העיר העתיקה
למחרת בבוקר, קיבל הרמטכ"ל הוראה משר הביטחון להיכנס לעיר העתיקה של ירושלים. האלוף עוזי נרקיס הנחה את מפקד חטיבה 55 לבצע את הכניסה, אך זו לא הייתה אפשרית לפני כיבוש רכס הר הזיתים. ב-09:30 בבוקר, לאחר שכוחות צה"ל השתלטו על הרכס, התקבל אישור הכניסה.
כוח מחטיבה 55 פרץ לעיר העתיקה דרך שער האריות ובמקביל, החטיבה הירושלמית פרצה לעיר העתיקה מכיון שער האשפות. בשעה 10:00, לאחר הפריצה לעיר, התרחש אירוע היסטורי: מח"ט 55, אל"ם מוטה גור הודיע בקשר: "הר הבית בידינו".